Інститут, організований у 1992 році, виконує фундаментальні та прикладні науково-дослідні роботи, спрямовані на вивчення археології, історії, етнографії, політології, фольклористики, мовознавства, літературознавства, історії мистецтва Закарпаття в його взаєминах із Карпатським регіоном у цілому. Директор - доктор історичних наук, професор В.Г. Котигорошко.
З початку становлення Інституту як наукового підрозділу університету домінантою було вивчення давньої історії Верхнього Потисся у взаємозв'язках із сусідніми та більш віддаленими регіонами Карпато-Дунайського ареалу. Безпосередні контакти з науковими установами суміжних країн (Словаччина, Угорщина, Румунія), проведення спільних конференцій, симпозіумів, створення міжнаціональних археологічних експедицій, спільні публікаці матеріалів, - усе це дозволило створити об'ємний банк даних з давньо історії Верхнього Потисся і вважати регіон одним з найбільш вивчених на території Карпато-Дунайського ареалу в межах 1 млн. років тому до IX ст. н.е.
Саме завдяки спільній роботі археологів університе ту й археологів - палеолітників Музею природи АН України (керівник д.і.н. В.М. Гладілін) була відкрита біля села Королево стоянка первісної людини, що оцінюється як пам'ятка європейського значення.
Роботи, проведені в 70-80-х рр. ХX ст. експедицією УжДУ на чолі з проф. Е.А.Балагурі, дозволили створити канву історичного розвитку Верхнього Потисся від V тис. до н.е. до появи ранніх слов'ян у VI - VII ст. н.е. Наприкінці XX - на початку XXI ст. ученими Інституту з'ясовано чимало проблем, пов'язаних з етнокультурною та племінною приналежністю населення регіону VI ст. до н.е. - VI ст. н.е.
Накопичення величезного фондового матеріалу (більше 100000 одиниць) уможливило створення Археологічного музею університету як самостійного підрозділу (директор - к.і.н. І.А. Прохненко).
Разом з археологами свій вклад у розвиток наукового потенціалу Інституту внесли фахівці з етнології, нової та новітньої історії. У рамках договору про прикордонне наукове співробітництво між УжНУ й історичним повітовим музеєм м. Сату Маре (Румунія) були проведені експедиції по вивченню етнічних меншин Закарпаття: волохів і німців краю та суміжної території Сату Марского повіту Румунії.
Проблеми нового і новітнього часу розкривалися при дослідженні теми "Соціально-економічний, етнополітичний і культурний розвиток Карпатського ареалу XVIII - XX ст."
Результати тринадцятирічної діяльності НДІ карпатознавства відображені в 33 збірниках "Карпатика - Carpatica", у наукових вітчизняних і закордонних виданнях, ряді монографій.
"Стіни" Інституту виплекали п'ятьох кандидатів і двох докторів історичних наук, у тому числі й ректора нашого університету М.М. Вегеша.
Адреса: м. Ужгород, вул. Університетська, 14